包虫病吃肠虫清是有效的。肠虫清的化学成分为阿苯达唑，抗包虫病药物治疗主要是使用苯并咪唑类的化合物，其中以阿苯达唑和甲苯达唑最为常用。
阿苯达唑作为首选用药，药物的不良反应很少而且轻微，偶尔可以发生可逆性的白细胞减少和一过性的转氨酶升高，所以停药或者对症治疗，患者即可以康复。但是肠虫清有致畸形的作用，所以孕妇不能使用。
包虫病除了应用药物治疗外，手术治疗是根治包虫病最有效的办法，可以降低复发的几率。手术方法首选根治性外囊剥除术，或者是肝部分切除术。