屁股两边疼，一般考虑可能是由于长期久坐等情况造成的肌肉酸痛引起的疼痛；也有可能是由于腰间盘突出压迫神经造成的肌肉劳损引起的相关症状；还有一种情况就是考虑可能是由于肛肠疾病，比如，肛周脓肿感染等情况引起疼痛的表现。
首先，需要到医院就诊，进行肛门指诊和肛门镜检查来确定什么原因造成的。如果不能检查清楚，需要完善肛周彩超或者肛周磁共振检查来明确诊断。
治疗方面主要是根据病情的轻重等情况进行，治疗的方法有药物治疗及手术治疗。