大部分情况，新型冠状病毒核酸检测阴性，提示着没有新型冠状病毒感染。
但要注意这种检测方法所引起的假阴性。新型冠状病毒核酸检测多采取咽拭子，如口咽拭子或鼻咽拭子。如果患者体内病毒含量较少，取样时没有取到含有病毒的分泌物或者是取样后过长时间没有送检，或者是检测误差等原因，而造成新型冠状病毒核酸为假阴性的情况，所以新型冠状病毒核酸检测要注意复查。
对于患者有新型冠状病毒肺炎的流行病学接触史，并且有新型冠状病毒肺炎的症状，如发热、咳嗽等。如果一次核酸检测为阴性，建议复查新型冠状病毒核酸检测。