膀胱隐痛不适的原因之一是膀胱炎，致病菌入侵导致膀胱壁充血、水肿，炎性刺激即可发生隐痛不适感觉。
由于疼痛轻微、提示感染不重，常见于慢性膀胱炎。膀胱内结石也可导致隐痛不适感觉，跟膀胱壁的机械性刺激有关。膀胱容积相对较大、膀胱内尿液充盈量少，结石对膀胱壁的刺激性增加，可导致隐痛不适感觉加重。
男性个体感觉膀胱隐痛，其常见的疾病原因是附属性腺体感染性疾病，临床较为常见的疾病是慢性前列腺炎，由于腺体的炎性肿大，对盆底神经的刺激引起膀胱部位隐痛不适。