黄体功能不全的原因有很多，在排卵后随着卵泡液流出，卵泡腔内压下降，卵泡壁塌陷形成皱襞。卵泡壁的卵泡颗粒细胞和卵泡膜细胞向内侵入，周围有卵泡外模包围共同形成黄体。在排卵后7到8天，也就是相当于月经周期的22天左右，黄体的体积和功能达到高峰。正常的黄体功能的建立是需要有理想的排卵前的卵泡发育，特别是促卵泡素的刺激，以及一定水平的持续性的促黄体素的维持。
如果卵子没有受精的黄体，在排卵后9到10天开始退化，黄体功能在14天左右。黄体功能不全有可能由于下丘脑垂体卵巢轴的分泌激素分泌异常，也可能由于一些药物放射线以及化疗等等的影响，或者由于手术对于卵巢的损伤，都可能是造成卵巢功能衰竭，或者是黄体功能不全的原因。