肛瘘引起肛门疼痛，主要的缓解方法就是使用温水或者是一些中药制剂，对肛门的局部做一个简单的清洗，先清除掉肛门周围的分泌物，这样具有缓解疼痛的效果。
另外，还可以适当地口服一些止疼的药物进行对症的处理。肛管直肠内可以使用止疼的药栓塞入，另外还可以使用利多卡因胶浆等药物进行局部的涂抹，对于肛门处的疼痛都具有良好的缓解作用。但是单纯地通过药物等方法进行疼痛的缓解，起不到根本性的治疗作用。
肛瘘引起了肛门疼痛，一般都是由于脓液再次形成，主要就是出现肛门周围鼓胀样的疼痛。所以如果想要彻底地解决，还是需要通过手术进行治疗。