孕6周小腹疼痛有可能是因为宫外孕引起的，但是也有可能是有先兆流产的表现，还有可能是因为有胃肠道的疾病而导致的小腹疼痛，以及既往有慢性盆腔炎症，甚至有慢性阑尾炎等，都有可能会导致出现小腹疼痛。
另外，还有些女性在怀孕以后，可能会因为激素水平的改变而导致出现子宫偶发的收缩性的疼痛，也会表现出来小腹部轻微的胀痛，但是没有阴道出血等异常表现。
所以怀孕6周如果出现小腹疼痛，建议到医院，首先需要复查超声以明确孕囊的位置。如果超声检查提示宫腔内能看见明显的孕囊，甚至能看见胚芽及心管搏动时，这时是能够排除宫外孕的。