大拇趾出现指甲沟疼痛，首先要考虑是甲沟炎。甲沟炎是由于穿鞋过小或者是足部出现了感染，最终在指甲缝中出现了化脓、发炎等表现。这时就会出现大拇趾甲沟中疼痛，可以用一些抗生素进行治疗，如金霉素软膏。如出现化脓表现及时地切开引流，甚至于进行拔甲治疗。
除了甲沟炎，一些真菌性感染也会诱发指甲沟内疼痛，这是由于脚癣引起。治疗方法外涂抗真菌软膏，然后足部进行护理，局部进行消毒的方法。
有少量患者是由于糖尿病，或者是血管性的疾病，由于局部缺血出现了坏死，也会出现指甲沟内疼痛。