复治的肺结核是难治的，因为复发的肺结核多有结核杆菌耐药的情况发生，此时其治疗效果不佳。患者往往要根据其临床症状、辅助检查，特别是痰培养结核杆菌的药敏试验选择敏感的多种抗结核药物治疗，同在需要使用二线的抗结核药物治疗。
另外，复治的肺结核患者其临床症状更重，易产生严重的并发症和后遗症。例如形成了肺空洞、大咯血、肺纤维化的破坏以及产生在肺外肺结核，例如脊柱结核和脑结核，此时病情是严重的多有严重的后遗症形成。
另外复发的肺结核其抗结核药物疗程需要明显延长，通常需要一年到一年半，甚至更长时间，从而增加了药物的不良反应。