退烧后一直头疼，可能是上呼吸道感染、颅内感染、脑缺血等原因所致。
受到细菌、病毒感染引发的上呼吸道感染会引起发烧、咽喉疼痛、头部疼痛、鼻塞、流鼻涕等相关的症状，退烧后也会引起头晕、头痛、乏力等。
颅内感染，比如病毒性脑炎、细菌性脑炎也可导致退烧以后出现头疼。在发烧期间由于脑膜受到刺激，有可能会引起无菌性的脑炎，从而导致脑部的血管发生收缩、血管张力升高，也可以引发头疼。
发烧时由于出汗比较多、流失的水分过多，造成血液浓度升高、水容量循环减少，脑部暂时缺血，也可引起头疼。