儿童恐怖症不能通过实验室辅助检查诊断，主要通过心理咨询，比如通过与儿童交谈和观察，父母与儿童之间的关系等，以及相应的评分标准明确。
需要排除类似的神经系统疾病，可以完善头颅磁共振，以及脑电图、血生化等检查。
儿童恐怖症是过分恐惧，患儿害怕的事物或情境事实上并没有危险性，或者虽有一定危险性，但其表现的恐惧大大超过客观存在的危险程度。这种情形持续存在，并由此产生回避退缩行为，严重影响正常生活、学习、社交等活动，任何劝慰解释都不能消除。