深呼吸时肺部疼痛主要是肺部炎症、胸膜病变、胸壁疾病等引起的。
大叶性肺炎患者，由于肺部炎症组织炎性渗出可能会累及胸膜，引起呼吸肺部疼痛。胸膜病变可能是细菌感染、病毒感染，或结核分枝杆菌感染等，导致胸膜炎、胸腔积液使胸膜脏层及壁层胸膜相互摩擦，引起呼吸肺部疼痛的感觉。
再就是肺部疼痛可能是肋软骨炎、胸部外伤导致的胸壁肌肉组织疼痛，也可能是肋间神经炎引起的呼吸肺部疼痛等。
因此，深呼吸肺部疼痛，要通过一些必要的辅助检查确定诊断，对症治疗。