半夜肛门瘙痒的原因如下：
1.最常见的原因是肠道寄生虫存在。寄生虫在夜间产卵的过程当中，会爬向肛门口位置。由于局部分泌物增加，进而会导致肛门瘙痒症状。
2.要排除是不是有肛门湿疹情况。肛门湿疹在夜间休息的时候，由于周围神经末梢分布比较丰富，在受到分泌物刺激下，可能会产生半夜肛门瘙痒症状。
3.要排除是不是有痔疮、肛裂等疾病的存在。夜间的时候植物神经更为兴奋，在出现局部刺激症状以后，可以表现为肛门瘙痒情况。
4.要排除是不是由于夜间盖了过厚的被子，或者是穿一些过厚的内衣裤，摩擦刺激所引起半夜肛门瘙痒。