直肠脱垂手术后是有可能会留下后遗症。直肠脱垂无论选择哪种手术的方式治疗，都有可能会引起后遗症。
如果在直肠黏膜底部进行消痔灵注射术，术后有可能出现感染。一旦发生感染，有可能会引起肛周脓肿，甚至导致脓毒血症。但是这种概率比较小，一般不会发生。如果经腹部进行手术，有可能会导致肠道粘连，甚至发生肠梗阻，也可能会出现吻合口狭窄，引起直肠狭窄。
因此，直肠脱垂做手术后要注意抗感染换药治疗，避免出现后遗症。术后要注意清淡饮食，保持大便通畅。