这个疾病的主要并发症是眼球前葡萄膜炎，不过还是比较少见的。棘阿米巴性角巩膜炎的治疗尚有争议。棘阿米巴以包囊和滋养体2种状态存在，需长期治疗。治疗包括0.1%依西双溴丙脒、新霉素- 多黏菌素和局部1%咪康唑滴眼液或眼膏，次数先频后减，疗程4周以上。并加口服酮康唑和伊曲康唑。若怀疑存在继发性细菌感染或细菌培养呈阳性，应当考虑适当使用抗生素，以局部应用为主，全身应用抗生素要少。主要目的是解除疼痛和消除炎症。通过有效的治疗，能降低并发症的发生。