孕晚期肾积水导致的疼痛，处理的方法是针对病因进行。通常情况下：
1.在孕晚期，往往肾积水的原因是妊娠的子宫逐渐增大，压迫了输尿管，导致了功能性的肾积水。严重的肾积水会导致肾体积的增大，肾包膜受到牵拉而出现疼痛。在严重的疼痛时也可以使用止疼剂，但一定要注意对胎儿的影响，一般经过分娩以后，疼痛会逐渐或者自然缓解。
2.如果是存在输尿管的结石或者其他的炎性占位等情况导致的肾积水时，必须注意保证胎儿和孕妇都安全的情况下，使用消炎药和止痛剂。而且一定要做好监测，必要时要进行泌尿外科的相关处理。