睑板腺囊肿大多不会出现癌变的情况，极罕见部分睑板腺囊肿的发作与睑板腺癌相关。尤其是在睑板腺癌发病的早期，部分患者会表现有眼睑皮下囊肿的症状，并且无疼痛、肿胀等炎症刺激，与睑板腺囊肿的病症有很多相似之处。
如果部分中老年患者，出现睑板腺囊肿在同一个位置反复发作，尤其在睑板腺囊壁刮除干净，个人护理得当的情况下，应该提高注意，对切除组织进行病理检查，以鉴别其性质。
但是大部分睑板腺囊肿已经确诊的状态下，大多不会发生癌变。