肺内3mm的小结节不会自愈。肺内出现的3mm大小的小结节，也称之为肺微小结节，这种结节病灶一般不会自愈，需要长时间定期复查。
导致肺内出现结节的疾病，主要是见于以下三个方面：
1.感染性结节。由于肺组织的炎症而导致的结节病灶，通过积极抗炎治疗后，结节体积会明显缩小，前提是要给予敏感、高效的抗生素治疗，否则不会自愈。
2.钙化灶结节。肺组织在修复的过程当中形成钙化灶，除了不会生长之外，也不会自行消失。
3.对于长时间存在的肺内结节，不排除肿瘤的可能性，这种结节同样不会自行消失。