胰腺囊肿以假性胰腺囊肿多见，对于直径小于5厘米的胰腺假性囊肿，症状较轻的患者可以先行内科非手术治疗。对于胰腺囊肿表浅且无分隔的患者，可以行b超引导下经皮囊肿穿刺置管引流。对于难以耐受开腹手术的病人可以选择微创腹腔镜下囊肿内、外引流术。
但是对于囊肿较大、位置较深及囊腔有分隔的患者，仍需外科手术治疗。因此对于胰腺囊肿的治疗方案的选择，主要依据患者的症状、囊肿的大小和位置、有无并发症等等情况，选择不同的个体化的治疗方案。