晚上小便痛可能是尿道组织充血、水肿导致，与尿路疾病有关。
比较常见的尿路疾病有尿道炎、尿道囊肿等。由于泌尿道的黏膜受到致病菌的入侵引起炎症反应，导致充血、水肿，甚至会引起糜烂，排小便的时候有刺痛感。尿道囊肿压迫了尿道导致尿道狭窄，也可出现排尿时有疼痛感。
也可能是泌尿系统的结石，如尿道结石在排小便的时候，结石被尿液冲刷会发生移动，移动的过程中对泌尿道的黏膜可以造成划伤，引起小便疼痛。
除此之外，尿道口受到异物的划伤，也可导致晚上小便疼痛。