女性念珠菌阴道炎大多数通过阴道局部用药进行治疗。一般是阴道内放置咪康唑类的栓剂，连用一周左右的时间都可以起到很好的治疗效果。
如果未婚女性或者不适合阴道用药，可以口服一些氟康唑进行治疗。如果存在一些原发疾病，比如是因为糖尿病引起的念珠菌性阴道炎，就应该积极的控制血糖，治疗原发病，这样有利于念珠菌阴道炎的治疗。
在治疗的过程中，要将密切接触的内裤、浴巾等生活用品用开水烫洗，也可以放置太阳底下暴晒，还要注意外阴卫生，要勤换内裤，保持外阴清洁干燥，预防外阴局部皮肤潮湿。