颅内生殖细胞瘤术后并发症主要有颅内感染、手术伤口的愈合不良、坠积性肺炎、褥疮等。
因为颅内生殖细胞瘤手术需要开颅暴露脑组织，在手术的过程中就可能造成颅内感染；手术切口进行缝合时可以出现手术切口愈合不良、伤口感染等并发症；手术后患者需要卧床，可能导致坠积性肺炎、下肢深静脉血栓、褥疮等术后并发症的出现。
生殖细胞瘤可以出现在颅内的鞍上区、松果体区、基底节区。根据生殖细胞瘤的不同亚型来决定是否只是手术切除，还是手术切除为主、放化疗为辅的综合治疗方式。