心脏瓣膜病的发病原因既有先天性的，也有后天获得性的因素。
第一，先天性因素。先天性的心脏瓣膜病比较少见，目前临床上常见的先天性的心脏瓣膜病主要是先天性二叶瓣畸形改变导致主动脉瓣狭窄。此外，先天性的肺动脉瓣狭窄或者二尖瓣狭窄，以及三尖瓣下移畸形，也有散发的病例报道。
第二，后天性因素。这是心脏瓣膜病最常见的原因，目前常见的后天性因素引起的心脏瓣膜病，主要是溶血性链球菌感染引起的风湿性心脏瓣膜病改变。
此外，年龄的增长也是心脏瓣膜病的常见原因，少数心脏瓣膜病和感染性心内膜炎，以及心肌梗死等现象引起有关系。