药物流产后肚子疼，可能是正常的现象。因为在药物流产以后，可能会导致子宫内膜变性，并且子宫会收缩，才能够促进胎盘组织排出体外，在此过程当中就会出现下腹部疼痛，但是疼痛的时间不会太久，通常会自主消失。
如果在药物流产以后经常出现疼痛，并且阴道出血持续不止，可能是子宫内有残留的组织，没有完全排出去，需就医进行B超检查。如果发现存在残留的组织，还应当考虑进行清宫手术。
此外，如果在药物流产以后出现了宫内感染，也会导致肚子疼痛，在确诊后应进行抗感染治疗。