小儿川崎病引起原因有如下三种：
第一，细菌感染所致，多见于感染金黄色葡萄球菌、链球菌等。
第二，病毒感染所致，多见于感染可引起白血病或淋巴瘤的人类嗜T细胞病毒，以及可引起艾滋病的人类免疫缺陷病毒等RNA病毒中的逆转录病毒。
第三，其他感染所致，如感染立克次体、支原体等。
本病具体病因及发病机制尚不清楚，可能与病原体的特殊成分导致淋巴细胞多克隆活化、凋亡减少、产生大量免疫球蛋白和细胞因子、血管内皮细胞受损等多种因素相关。