当孕囊排出有残留时需要根据女性阴道流血情况、腹痛情况、宫内残留物的情况综合评估予以不同的处理。
对于阴道流血不多、宫内残留物不多、无腹痛及其他不适情况，可以予以药物保守治疗，可以服用米非司酮，益母草等促进子宫的收缩，从而有利于残留物排除，同时还需要加强抗炎治疗。一般1周复查超声，如果仍有残留，出血多就需要行清宫手术。对于孕囊排出后，有明显阴道流血、腹痛等情况，就需要及时行清宫手术，避免流产不全引起大出血的可能，术后常规予以抗生素预防感染等处理。
因此，孕囊排出后有残留可以短期药物保守治疗，或直接手术治疗，女性可以根据自身情况选择不同的治疗方案。