扁桃体炎可采用全身治疗的方式。多数患者的扁桃体炎都是链球菌感染，抗生素是首选药物。在抗生素里治疗扁桃体炎首选青霉素，如果青霉素过敏可以更换为林可霉素、红霉素等。
如果患者的扁桃体炎同时伴随全身疼痛、发热等，可选择阿司匹林镇痛剂治疗。
通过这几类药物治疗两三天后，病情没有好转的患者，则考虑是否有细菌感染或者病毒感染，改成使用磺胺类药物或者抗病毒药物。也可以酌情使用肾上腺皮质激素，例如地塞米松、泼尼松等。