肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗的原则是
1.准确寻找和处理好内口；
2.切除和清除全部瘘道；
3.合理处理好肛门括约肌；
4.创口引流通畅。
这4项是手术成功与否的关键。包括以下手术方式：
一、瘘管切开术 单纯性低位肛瘘或括约肌间肛瘘，尤其是伴有肛旁脓肿的低位肛瘘，可在脓肿切开引流的同时进行该手术。瘘管切开术是最常用的肛瘘手术方式，影响其治疗效果的关键问题是：是否明确从内口到外口的整个瘘管以及是否有支管。
二、肛瘘切除缝合术 适用于非急性期、低位肛瘘，瘘管周围炎症基本消退，瘢痕比较成熟，与周围正常组织之间界限明显的肛瘘。切除缝合术可能是最符合外科原则的一种手术方式，去除病灶和解剖重建一次完成。只要引流通畅，切口愈合较快，且对肛门功能影响较小。但其适应症相对较窄，且存在缝合切口感染的可能，如果感染一旦发生，敞开引流是唯一可取的方法。
三、肛瘘切开挂线术 挂线疗法及切开挂线疗法，是祖国医学治疗肛瘘采用的传统方法之一。方法简便，疗效较好，适用于各种肛瘘，尤其适用于高位肛瘘。它的治疗原理是利用橡皮筋或者是药线的机械作用，使结扎处的组织发生血运障碍，逐渐压迫坏死，同时结扎线可以作为瘘道的一个引流物，使瘘道内的渗液排出，防止了急性感染的发生。在慢性切割的过程中，基底部创面同时开始逐渐愈合。这种逐渐切割瘘道的方法，最大的优点是肛门括约肌虽然被切断，但不致因收缩过多而改变位置，一般不会造成大便失禁，较好地解决了高位肛瘘手术中切断肛门括约肌造成的这种肛门失禁的问题。显著减少了肛管及其周围组织的缺损，疤痕小，不会造成严重的肛门畸形。引流通畅，复发率较低。