肛门息肉最佳的治疗方法需要结合息肉的类型。息肉分为肿瘤性息肉和非肿瘤性息肉，如果为肿瘤性息肉最佳的治疗方法即是手术切除，因为肿瘤性息肉后期有可能会出现恶变，而变成恶性肿瘤。
而非肿瘤性息肉大多是有炎症导致的炎性息肉或者增生性息肉，一般不会恶变，最佳的治疗方法，治疗原发疾病为主，比如是由于局部炎症所导致的，以治疗炎症为主。另外肛门部的息肉还有可能是一些赘生物，比如尖锐湿疣等等。所以，患者需要及时去医院就诊，明确诊断再采取相应的治疗。