排除小儿脑炎主要从腰椎穿刺、脑脊液化验以及大脑核磁共振这些检查来进行判断。
小儿脑炎是一种非常严重的中枢神经系统感染，大部分是病毒感染引起的。通常是在上呼吸道感染或者是消化道感染以后病毒进入到小儿体内，随着血流突破了血脑屏障进入到中枢神经系统，然后开始侵犯大脑中枢神经系统的脑细胞，在脑细胞内定植并繁殖，并且通常会引起蛛网膜下腔出血和严重的脑水肿。
因此，通过大脑核磁共振能够发现大脑神经细胞的改变，同时脑脊液、腰椎穿刺检查可以发现白细胞和蛋白质明显增高。