肾上囊肿的治疗方案主要以随诊观察、药物治疗或手术治疗为主。
该病变为良性病变范畴，对于囊肿直径小于4cm的，没有明显临床症状时，注意定期随诊观察。半年到一年左右，复查一次B超以及肾功能，分析当前病情状况。如果出现感染、高血压等临床症状，可以用药改善临床症状，稳定病情。
目前没有特效药物能够消除或者缩小囊肿，所以当囊肿持续变大后，可以手术治疗将囊肿切除。手术方式较多，可以采取经腹腔镜囊肿去顶减压术或者肾切除术。由于现在超声技术不断发展，也可以采取超声引导下的穿刺引流。