先天性支气管囊肿需要根据病变区域的不同，采用体位引流的方式来治疗，并且配合雾化吸入治疗。对于有条件的医院，可以通过纤维支气管镜来做局部的灌洗。
先天性支气管囊肿很多时候是由于革兰阴性杆菌感染所引起，比较常见的有肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌，还有铜绿假单胞菌等。
对于先天性支气管囊肿需要选择敏感的抗生素。病人在用药之前需要做痰液细菌培养以及药敏试验，根据检查的结果来进行用药。对于有反复呼吸道感染的病人，也需要做好全面的预防措施。平时也可以多吃一些增强免疫力的药物。